宇宙の星々のエネルギーを喰らい成長する暗黒集団ブラックマターの次なる標的は地球であった。女子学生・獅堂ライアは、地球の根源エネルギーであるエーテリウムのパワーを使ってセーラーアルトリアスに変身し仲間と共にブラックマターと戦いを続けてきたが、それも大詰めを迎えていた。敵女幹部のルナティックシスターズ・ネメシスとケイオスはライアに怪魔人ゲルボッサを差し向け、エーテリウムを渡さなければ一生廃人になるがいいさ、とばかりに更に自らも粘着質な攻撃を波状に繰り返してくる。危機一髪からシスターズを退けるアルトリアスは、仲間が皆ダークマターに捕まりエーテリウムを奪われかけている話を聞きアジトに向かうのだが・・・