オメガ部隊の特殊改造人間ジーンは任務から帰投中、機械生命体帝国シャーマシーナの新型兵士達に襲われ、逃げ場を奪われてしまう。身柄を捕らえられたジーンは、酷い戒めを受けるが、彼女のピンチを察知した同胞のノインスに救われる。解放されたジーンは、ノインスと脱出を試みるが…［BAD END］