北舘静香ことフロンティアは普段は女教師。並行世界の境界線で偶然もう一人の自分と同化し超人的パワーと並行世界に移動できる能力を持つ事に。そして並行世界を支配しようと画策する魔女メデューサから時空の秩序を守っていた！そんなある日、剣道部の主将高杉鉄平がメデューサに誘拐されてしまう。幕末の動乱期に乗じて新選組を利用し、幕府を裏で操ろうと画策していたのだ。果たしてフロンティアは幕末の歴史を守り生徒を奪還できるのか！